Proposal Pendirian Sekolah Tinggi Agama Islam Pacitan (STAIPA), yang dikirim ke Direktorat Jenderal Kelembagaan Agama Islam Departemen Agama RI pada tanggal 5 Januari 2004. Pada tanggal 22 Maret 2005 turunlah Surat Keputusan Direktur Jenderal Kelembagaan Agama Islam Nomor :  Dj. II / 30 / 05, tentang Ijin Berdiri dan Ijin Operasional Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah Nahdlatul Ulama Pacitan (STIT NU PACITAN). Tiga Tahun Kemudian mengajukan Akreditasi kepada BAN-PT dan Keluar SK Akreditasi BAN-PT  pada tanggal 14 Maret 2009 dengan nomor 001/BAN-PT/Ak-XII/S1/III/2009. Pada tahun 2009 ini juga dengan posisi terakreditasi STIT NU Pacitan harus mengembangkan diri dengan membuka program studi baru yaitu program studi Manajemen Pendidikan Islam dengan SK Dj.I/614/2009,  serta berusaha merubah status dari STIT NU PACITAN menjadi STAI NU PACITAN (SK Alih Status sudah terbit dengan SK nomor : Dj.I/1260/2011 tentang persetujuan Alih Status Perguruan Tinggi Agama Islam Swasta, dengan prodi baru ekonomi syariah dengan surat ijin operasional 1891 Tahun 2012 tertanggal 02 Oktober 2012. Dan saat ini dalam prodi ekonomi syari’ah dalam proses akreditasi.