Keberadaan dan sejarah Program Studi Pendidikan Sarjana (S1) dengan jurusan Pendidikan Agama Islam (PAI) di Sampang adalah dirintis oleh KH Muafi A. Zaini (Pengasuh Pondok Pesantren Nazhatut Thullab Prajjan Camplong Sampang) dengan mendirikan “Universitas Nazhatut Thullab” (UNAT) pada tahun 1987. Namun pendirian UNAT tersebut terkendala oleh syarat perizinan dengan minimal 6 Fakultas yang harus dimiliki untuk pendirian Universitas, sehingga pada tahun 1991 hanya 1 Prodi saja yang disetujui yakni Prodi Pendidikan Agama Islam (PAI), sehingga lahirlah STIT NAT (Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah Nazhatut Thullab) Sampang, sesuai dengan keputusan Menteri Agama RI Nomor : 210 tahun 1991, tertangal 11 Desember 1991.

Pada tahun 2011, STIT Nazhatut Thullab beralih status lagi menjadi STAI   Nazahtut Thullab (STAI NATA ) Sampang, sesuai dengan  keputusan Direktur Pendidikan Islam nomor : Dj.I/1260/2011 tanggal 20 September 2011, dengan ditambah 1 Prodi/ Jurusan, yaitu;  Prodi AS (Al-Akhwal Al-Syakhsyiyah)  sesuai dengan surat keputusan Dirjen Pendidikan Islam nomor : Dj.I/1874/2011 tertanggal 28 Desember 2011, dan adanya penambahan prodi Ekonomi Syari’ah pada tahun 2012, sesuai dengan surat keputusan Dirjen Pendidikan Islam Nomor : 1891 tahun 2012 tertanggal 2 Oktober 2012.