STT Jaffray Jakarta adalah saudara kembar STT Jaffray Makasar yang dimulai dengan Program Kelas Jarak Jauh (PKJJ) pada tanggal 6 Februari 1984 oleh Pdt. Dr. Yakob Tomatala.  Berdasarkan perkembangan dan kebutuhan gereja, PKJJ ini ditingkatkan statusnya menjadi STT Jaffray Cabang Jakarta 1987 kemudian menjadi Institut Filsafat Theologi dan Kepemimpinan Jaffray Jakarta (IFTK Jaffray Jakarta) tahun 1991. Mengingat ketentuan perundang-undangan yang berlaku, pada bulan Maret 2010 IFTK Jaffray Jakarta kembali berubah nama menjadi STT Jaffray Jakarta.  STT Jaffray Jakarta ditetapkan sebagai sekolah berdiri sendiri dalam Konferensi Nasional Gereja Kemah Injil Indonesia (GKII) di Denpasar, Bali pada tanggal 8 September 1991.