Universitas Musamus (UNMUS) awal berdirinya dengan nama Sekolah Tinggi Teknologi Merauke (STTM) diselenggarakan berdasarkan pendidirian Yayasan Pendidikan Anim Ha Merauke dengan Akta Notaris Nomor 12 tahun 2001 tanggal 26 Januari 2001. STTM didirikan dengan Keputusan Mendiknas RI Nomor 187/D/O/2001 tanggal 26 September 2001. Program studi yang diselenggarakan saat itu adalah Teknik Sipil Program D-3, Teknik Mesin Program D-3, Teknik Elektro Program D-3, dan Teknik Informatika Program D-3; 

Pada tanggal 26 Pebruari 2005 Wisuda Perdana STT Merauke meluluskan 99 mahasiswa Program Diploma tiga (D-3). Dalam acara tersebut, Bupati Merauke Drs. Johanes Gluba Gebze menyampaikan keinginan Pemerintah Daerah dan masyarakat Merauke akan hadirnya sebuah universitas negeri dan mentabiskan namanya dengan sebutan Universitas Izakod Bekai Izakod Kai; 

Pada bulan Oktober 2005 pembentukan tim kecil untuk penyusunan proposal perubahan status dari Sekolah Tinggi menjadi Universitas diantar ke DIKTI di Jakarta, dan pada tanggal 16 Agustus 2006 Mendiknas RI melalui DIKTI di Jakarta mengeluarkan Izin Operasional beberapa program studi baru jenjang S-1 dan perubahan status kelembagaan STT Merauke menjadi Universitas Musamus Merauke (UNIMMER) berdasarkan SK Nomor 160/D/O/2006 dengan program studi baru sebagai berikut : 1). Arsitektur, 2). Sistim Informasi, 3). Administrasi Negara, 4). Manajemen, 5). Ekonomi Pembangunan, 6). Pertanian, 7). Teknik Pertanian, 8). Perikanan dan 9). Peternakan;

Selanjutnya keinginan masyarakat Kabupaten Merauke khususnya dan masyakat Papua Selatan pada umumnya untuk memiliki sebuah universitas negeri menguat, pada saat kunjungan Bapak Presiden Republik Indonesia dan Menteri Pendidikan Nasional di Merauke pada tanggal 4 – 5 April 2006, dimana Bapak Presiden menyampaikan bahwa “Paling lambat dua tahun akan hadir sebuah perguruan tinggi negeri di Merauke”;

Pada tahun 2006 pembentukan tim kecil untuk penyusunan proposal perubahan status menjadi Universitas Negeri, dan tepatnya pada tanggal 12 Desember 2007 proposal tersebut diserahkan ke Departemen Pendidikan Nasional. Selanjutnya setelah mendapat persetujuan Bapak Mendiknas untuk persiapan penegerian, maka Dirjen Pendidikan Tinggi membentuk Tim Penegerian yang selanjutnya melakukan kajian Naskah Akademik;

Pada tanggal 30 Januari – 1 Februari 2009, Tim Penegerian yang dipimpin oleh Ketua Kelembagaan Ditjen Dikti melakukan kajian pembahasan awal Naskah Akademik di Universitas Musamus Merauke;

Pada tanggal 20-21 Februari 2009, Tim Penegerian Ditjen Dikti melakukan visitasi asset dan sumber daya manusia di Universitas Musamus Merauke. Akhirnya pada hari Sabtu tanggal 23 Mei 2009 bertempat di Tanah Anim Ha Merauke Papua Selatan diselenggarakannya Acara Serah Terima Aset Sarana dan Prasarana serta Sumber Daya Manusia Dalam Rangka Penegerian Universitas Musamus Merauke dari Pemerintah Daerah Kabupaten Merauke dan Yayasan Pendidikan Anim Ha kepada Departemen Pendidikan Nasional dalam hal ini yang dikuasakan kepada Dirjen Pendidikan Tinggi;

Penyerahan aset, belum disertai dengan peresmian penegerian Universitas Musamus, sehingga perlu penantian waktu untuk peresmian penegerian selama 18 (delapan belas) bulan. Akhirnya pada tanggal 19 November 2010, Presiden RI menandatangani Peraturan Presiden Nomor: 65 Tahun 2010 tentang Pendirian Universitas Bangka Belitung, Universitas Borneo Tarakan, dan Universitas Musamus.

Tanggal 22 Nopember 2010 bertempat di Auditorium Universitas Cenderawasih Jayapura, Presiden Republik Indonesia Bapak DR. H. Soesilo Bambang Yudhoyono meresmikan Universitas Musamus (UNMUS) menjadi Perguruan Tinggi Pemerintah ditandai dengan penandatangan Prasasti.

Tanggal 3 Juni 2011, Peletakan Prasasti UNMUS, Pembukaan Selubung Papan Nama UNMUS, dan Peresmian Hotspot Area FKIP oleh Bapak Menteri Pendidikan Nasional Prof. DR. Ir. KH. Muhammad Nuh, DEA.

Penghargaan Khusus MTQMN  pada Perhelatan Pawai Kafilah MTQMN XV di Malang

Juara ke 2 pada Turnamen Sepak Bola John Wempi Wetipo (JJW)